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细菌16S rDNA菌种鉴定

★ 方便、快捷地完成各种细菌的分子生物学鉴定
★ 特别的实验方法,有效避免了污染,帮助您获得真实、可信的结果
细菌的rRNA有5S,16S,23S三种。其中5S rRNA信息量少,不适合分析,而23S rRNA分子量大,但碱基突变速率要比16S rRNA快得多,对于较远的亲缘关系不适用。16S rRNA其大小在1,500 bp左右,所代表的信息量适中,因此是进行分类研究的理想材料。
本服务使用TaKaRa 16S rDNA Bacterial Identification PCR Kit (Code No.: RR176) 进行实验。利用16S rDNA两端的引物PCR扩增未知菌株的16S rRNA基因,并进行DNA测序,与GenBank中的已知序列进行同源性比较后,判定细菌种类,将细菌划分到属或种。
 
■ 服务内容
◇ 细菌16S rDNA部分序列解析
扩增细菌16S rRNA的全长序列,只使用Seq forward进行一个测序反应 (有效序列500~600 bp),即可得到含有部分种属特异性的16S信息,是一种较为经济便捷的鉴定方法。
◇ 细菌16S rDNA全序列解析
扩增细菌16S rRNA的全长序列,约1,400 bp~1,500 bp,需进行三个测序反应,以得到较为全面的种属特异性信息。
 
■ 服务说明
1. 目前接收的样品形式为:基因组DNA、经菌种分离后带有单菌落的新鲜平板或斜面。由于平板和斜面以外的其它形式样品实验成功率较低,所以我们暂不接收这样的样品。
2. 基因组DNA的浓度≥10 ng/μl,总体积≥20 μl,且无明显降解。平板或斜面应长有分离纯化的单菌落。斜面样品:培养基的比例最好占试管1/2以上,但不要超过3/4。
3. 由于革兰氏阳性细菌的细胞壁较厚,采用试剂盒常规方法较难破壁,建议您提供基因组DNA (为了保证扩增质量,建议您提取后做一次乙醇沉淀以去除残存的盐离子等可能抑制PCR反应的成分)。
4. 对于特殊菌株 (如厌氧菌、放线菌等),请在服务委托书中加以说明。
5. 常温运输时间过长会导致菌体老化,细胞壁难以破碎,因此对于平板或斜面,建议您使用冰袋运输。
6. 如果测序结果出现如下套峰,视为样品不纯,本公司将收取全额实验费用。
7. 如果测序结果出现如下两种情况,视为样品rDNA具有多态性。第一种情况对菌种鉴定的影响不大,视为正常;如果出现第二种情况,通常需要通过加测反应才能得到有效数据。
第一种:
单向测序
第二种:
正向测序
反向测序
 
 
■ 价格·实验周期
服务项目 收费标准 实验周期
       细菌16S rDNA部分序列解析 500 元/样品 5~10个工作日
        细菌16S rDNA全序列解析 600 元/样品
检测样品数量多时 (10 个样品以上) ,可以给予适当优惠,请咨询。
 
■ 提供结果
电子版数据 (包括PDF版实验报告、测序彩色波形图、碱基序列、NCBI比对结果)。
 
如果您需要进行此项服务,请填写“Takara细菌16S rDNA菌种鉴定服务委托书”(请与本公司联系索取)。填写后通过传真或E-mail发送给我们或当地代理商。